Im Jahr 1929 stellte die Deutsche Reichsbahn zwei große Neubauten mit einem Fassungsvermögen von mindestens 1000 Personen in Dienst. Der Hafen Konstanz erhielt das bis dahin größte Dampfschiff, das SD Stadt Überlingen II und der Hafen Lindau erhielt das viele Jahrzehnte tonnagemäßig größte Bodenseeschiff das MS Allgäu.
Das MS Allgäu, das zunächst als Zweideck-Schiff gebaut worden war ersetzte den SD Augsburg (ex Wittelsbach) und wurde bereits 1935 zu einem Dreideck-Motorschiff umgebaut.
Das Schiff, das wegen seiner Doppelschrauben schwer zu manövrieren war wurde deshalb fast ausschließlich zu Sonderfahrten, ab 1933 „KdF-Fahrten" herangezogen.
Im zweiten Weltkrieg wurde das MS Allgäu aufgrund des Treibstoffmangels nicht eingesetzt.
Zum Schutz vor einer drohenden Versenkung durch SS-Truppen wurde das MS Allgäu mit anderen Lindauer und Bregenzer Schiffen am 26.04.1945 in der Schweiz schutzinterniert und am 17.05.1945 von französischen Truppen wieder nach Lindau zurückgebracht, wo es diesen als Unterkunft diente.
1949 wurde das MS Allgäu generalüberholt und konnte wieder eingesetzt werden.
1954 wurde das MS Allgäu auf Voith-Schneider-Propeller-Antrieb umgebaut und wird seitdem auch im Kursverkehr eingesetzt.
Im Winter 1972/73 wurden die gesamten oberen Aufbauten umgebaut und der Schornstein abgenommen, was zu Protesten bei Schifffahrtsfreunden führte.
1980 bracht auf der im Lindauer Hafen liegenden Allgäu ein Schwelbrand aus der rasch gelöscht werden konnte.
1981 erhielt das MS Allgäu zur Freude vieler eine Schornsteinattrappe; dieses Ereignis wurde auf der sog. "Kaminfahrt" gefeiert.
Die Allgäu, die im Jubiläumsjahr 1999 ihren 70. Geburtstag feierte, wurde bei der Flottenparade zum 175. Jubiläum der Bodenseeschifffahrt zum letzten Mal eingesetzt.
Nach einer zweieinhalbjährigen
Liegezeit in den Häfen Lindau und Friedrichshafen wurde das 72jährige Schiff Ende
September 2001 in die Fussacher Werft gebracht und im Frühjahr 2002
verschrottet, da umfangreiche Erneuerungsarbeiten am Schiffsrumpf für eine neue
Betriebsgenehmigung notwendig geworden wären. Das markante Kreuzerheck wurde
abgetrennt und an einen privaten Sammler verkauft.
Die Kurse des MS Allgäu wurden vom MS Stuttgart übernommen, das
1999 nach Lindau verlegt wurde.
Seit Sommer 2011 steht das Heck des MS Allgäu auf dem Betriebsgelände der Stadtwerke Konstanz in Staad direkt am historischen Fähranleger der Fähre "Konstanz".